爱琴海海岸线非常曲折，港湾众多，共有大小约2,500个岛屿。爱琴海的岛屿可以划分为七个群岛：色雷斯海群岛，东爱琴群岛， 北部的斯波拉提群岛，基克拉泽斯群岛，萨罗尼克群岛（又称阿尔戈－萨罗尼克群岛）， 多德卡尼斯群岛和克里特岛。爱琴海的很多岛屿或岛链实际上陆地上山脉的延伸。一条岛链延伸到了希奥岛，另一条经埃维厄岛延伸至萨摩斯岛，还有一条从伯罗奔尼撒半岛经克里特岛至罗德岛，正是这条岛链将爱琴海和地中海分开。许多岛屿具有良港，不过在古代，航行于爱琴海并不是很安全。许多岛屿是火山岛，有大理石和铁矿。克里特岛是海中最大的一个岛屿，面积8000多平方公里，东西狭长，是爱琴海南部的屏障。克里特岛上有大面积的肥沃耕地，但是其它岛屿就比较贫瘠了。爱琴海岛屿的大部分属于西岸的希腊，一小部分属于东岸的土耳其。